提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中央网信办通报涉疫谣言溯源及处置典型案例******
中新网1月10日电 据国家互联网信息办公室官方微信消息,一段时间以来,各类涉疫网络谣言不断出现、持续发酵,歪曲国家防疫政策,消解群众抗疫信心,严重危害社会稳定,人民群众对此深恶痛绝。对此,中央网信办深入推进“清朗·打击网络谣言和虚假信息”专项行动,督促指导网站平台全面排查整治涉疫谣言。截至目前,微博、腾讯、抖音、快手、百度、哔哩哔哩、小红书、知乎、豆瓣等重点网站平台共处置传播涉疫谣言账号2700余个,第一时间溯源并关闭首发账号,坚决打击造谣传谣行为。现通报涉疫首发谣言典型案例如下:
1.关于“德尔塔奥密克戎共循环”的网络谣言。今日头条首发账号为“阿陶156”,发布时间为2022年12月2日23时8分。中国疾控中心病毒所负责人表示,2022年12月1日以来,全国已完成1142例病例的全基因组测序,结果显示奥密克戎仍是目前国内主要流行毒株,网传德尔塔和奥密克戎共循环或者说有重组是谣言。
2.关于“国务院联防联控小组正式摘牌”的网络谣言。抖音首发账号为“照不亮的地方”,发布时间为2022年12月8日1时6分。经核实,网上流传的图片实为国家卫健委2020年将其新闻发布会背景改成国务院联防联控机制发布会背景的照片,多家媒体已对此进行辟谣。
3.关于“北京地坛医院封了”的网络谣言。雪球首发账号为“格雷厄姆斯基”,发布时间为2022年12月26日21时22分。北京地坛医院已声明此信息不实,作为北京市市级定点收治医院,正常、有序开展新型冠状病毒感染患者的收治任务,全力做好患者的医疗救治工作。
4.关于“北京自来水阳了”的网络谣言。快手首发账号为“奢睿雅~周梓煊”,发布时间为2022年12月20日21时44分。北京市自来水集团已声明此信息不实,自来水、可乐、橙汁等其他液体与人体样本完全不同,将其倒入测试液中,会破坏抗原提取管里的测试液成分,再加入测试孔进行反应后所产生的任何颜色变化,其结果不具备参考性。
5.关于“上海浦东某小区有人焚尸”的网络谣言。微信首发账号为“丘榆霞律师在加拿大”,发布时间为2022年12月23日19时34分。经核实,相关视频内容实际是亲人为逝者举行的祭奠仪式,焚烧的是逝者衣物,并非遗体。
6.关于“由于疫情原因,国家要求快递业1月8日停业”的网络谣言。微博首发账号为“芳茗含露1990”,发布时间为2022年12月16日21时12分。经核实,中通、圆通、顺丰等多家快递企业没有接到相关通知,也没有停业和提前放假的打算。国家相关部门最新发布的通知不是“陆续停业”,而是“进一步畅通”。
7.关于“乌鲁木齐方舱会展中心方舱有人卖淫嫖娼”的网络谣言。微信首发账号为“yy5200831”,发布时间为2022年10月24日23时00分。经查,相关网传内容纯属个人编造,当地公安机关已立案侦查。
8.关于“大庆市孕妇就医被拒流产”的网络谣言。微信首发账号为“AAA_代办驾驶证,买卖二手车服务.”,发布时间为2022年9月2日16时10分。经查,当事人因健康码转码问题对社区工作人员产生不满,发帖谎称在医院就诊被拒导致流产。当地公安机关已立案侦查。
上述谣言首发账号均已关闭。中央网信办相关负责人表示,将持续坚决打击造谣传谣行为,从严查处发布谣言的账号主体,形成有力震慑。同时欢迎有关部门和网民积极参与举报,提供有关线索,合力铲除网络谣言生存土壤,共同打造清朗网络空间。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)